1999年NBA选秀，肖恩·马里昂在首轮第9顺位被菲尼克斯太阳队选中。
1999年11月2日，太阳客场挑战掘金，肖恩·马里昂完成NBA首秀，首发出场35分钟，贡献14分、14篮板、3助攻和2盖帽。
1999-00赛季，肖恩·马里昂入选最佳新秀阵容第二阵容。
2001年2月9日，肖恩·马里昂入选全明星赛新秀对抗赛。
2001年2月14日，太阳对阵森林狼，肖恩·马里昂得到职业生涯新高的38分。
2001年2月26日，肖恩·马里昂当选西部周最佳球员。
2002年8月9日，太阳队和肖恩·马里昂签订续约合同。合同为期6年价值7900万美元，其中2008夏球员选项。
2003年1月29日，肖恩·马里昂入选2003年全明星正赛西部替补阵容。
2004年11月30日，肖恩·马里昂当选西部周最佳球员。
2004年12月21日，肖恩·马里昂当选西部周最佳球员。
2003-04赛季，肖恩·马里昂由小前锋改打大前锋，平均上场38.8分钟，帮助球队取得常规赛62胜的战绩。
2005年2月9日，肖恩·马里昂入选2005全明星赛西部替补阵容。
2005年5月19日，NBA官方公布了2004-05赛季最佳阵容名单，肖恩·马里昂入选最佳阵容第三阵容。
2006年1月4日，肖恩·马里昂当选西部周最佳球员。
2006年2月10日，肖恩·马里昂入选2006年全明星赛西部替补阵容。
2006年3月2日，肖恩·马里昂当选2月西部最佳球员。2月份，马里昂打出9次两双，平均每场比赛得到24.2分13.9个篮板，投篮命中率达到53.8%，帮助太阳队取得了9胜1负的战绩。
2006年5月18日，NBA官方公布了2005-06赛季最佳阵容名单，肖恩·马里昂入选最佳阵容第三阵容。
2005-06赛季，肖恩·马里昂场均得到21.8分、11.8个篮板和1.69次盖帽，60次两双，投篮命中率达到52.5%，以上数据均创职业生涯新高，是球队的得分、篮板、抢断、盖帽王，并成为联盟赛季唯一在得分、篮板、命中率、抢断、盖帽、上场时间均排名前20的球员。
2007年2月2日，肖恩·马里昂入选2007年拉斯维加斯全明星赛西部替补阵容。
2006-07赛季，马里昂帮助太阳队以61胜的战绩进入季后赛。
2008年2月7日，肖恩·马里昂被交易至迈阿密热火队。
2008年6月25日，肖恩·马里昂选择放弃执行球员选项跳出合同，继续留在热火队效力。2007-08赛季，马里昂场均贡献15分和10个篮板，因为背部旧患和脚伤的原因缺席了热火队最后16场比赛。
2009年2月14日，肖恩·马里昂被交易至多伦多猛龙队。2008-09赛季，马里昂代表热火出战42场比赛，平均上场36.1分钟，得到12分和8.7个篮板，投篮命中率为48.2%。
2009年7月9日，达拉斯小牛队通过四队交易，先签后换得到肖恩·马里昂。马里昂的合同为期5年价值3900万美元，其中2013夏球员选项。
2009-10赛季，肖恩·马里昂代表小牛出战75场常规赛，场均31.8分钟可得12分和6.4个篮板。
2010年10月23日，小牛主场迎战火箭，肖恩·马里昂在比赛最后0.4秒空中接力完成绝杀，帮助小牛队97-96逆转战胜
对手。
2011年4月14日，小牛主场迎战黄蜂，肖恩·马里昂成为联盟史上第5位生涯总抢断数达到1500次、总盖帽数达到1000个的球员。
2011年5月24日，西部决赛第四场小牛对阵雷霆，肖恩·马里昂在常规时间第四节最后关键时刻将凯文·杜兰特的出手盖掉，将比赛拖入加时赛，并最终帮助球队获胜，拿下西部决赛的赛点。
2011年6月13日，总决赛第6战，小牛105-95战胜热火，从而以4-2的比分获得了球队31年来首次总冠军。
2011-12赛季，肖恩·马里昂代表小牛出战63场常规赛，场均30.5分钟可得10.6分和7.4个篮板。
2012-13赛季，肖恩·马里昂代表小牛出战67场常规赛，场均30.0分钟可得12.1分和7.8个篮板。
2013-14赛季，肖恩·马里昂一共为小牛队打了76场常规赛，场均交出10.4分6.5篮板的数据。
2014年9月10日，克里夫兰骑士队宣布正式签下肖恩·马里昂。
2014年12月27日，骑士客场挑战魔术，肖恩·马里昂职业生涯篮板总数达到10000个。
2014年12月29日，骑士主场迎战活塞，肖恩·马里昂成为NBA历史上第一位生涯总得分超过15000分、总篮板数超过10000个、总盖帽数超过1000个、命中三分球数达到500个球员。
